Mecetak Ulama Intelek Berkeadaban dalam Skala Global

Universitas Al-Amien Prenduan tidak dapat dipisahkan dari Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan yang didirikan oleh KH. Achmad Djauhari Chotib pada 10 November 1952 / 09 Dzul Hijjah 1371. Pendirian UNIA Prenduan merupakan salah satu bentuk aktualisasi cita-cita KH. Achmad Djauhari Chotib untuk menciptakan "gudang ilmu" di Prenduan, serta sebagai jawaban atas harapan masyarakat dan para alumni akan perguruan tinggi yang representatif di lingkungan Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan. Upaya ini dimulai pada tahun 1980, dan tiga tahun kemudian, tepatnya pada 11 September 1983 M / 04 Dzul Hijjah 1403 H, Prof. Dr. H. Munawir Sjadzali, MA., selaku Menteri Agama Republik Indonesia saat itu, meresmikan lembaga pendidikan tinggi ini dengan nama Pesantren Tinggi Al-Amien Prenduan (PTA Prenduan).

Tingginya harapan dan kebutuhan masyarakat terhadap pendidikan tinggi pasca pesantren terbukti dengan banyaknya peminat yang mendaftar pada tahun pertama penerimaan mahasantri di Pesantren Tinggi Al-Amien Prenduan. Peminatnya berasal dari alumni Al-Amien Prenduan maupun alumni pondok pesantren lain di Indonesia. Pada awalnya, mahasantri yang mukim belum memiliki asrama sendiri sehingga mereka bergabung dengan tarbiyatul mu’allimien/mua’llimat dalam proses pembelajaran dan sistemnya. Pada tahun 2000, berdasarkan keputusan Rektor STAI KH. Maktum Jauhari, mahasiswa/i intensif dipisahkan dari Tarbiyatul Mu’allimien/Mua’llimat dan mulai memiliki proses pembelajaran serta sistem yang mandiri hingga saat ini.